Mikroskop stomatologiczny używany jest każdorazowo przez lekarza endodontę podczas leczenia kanałowego zębów.
Lekarz pracując pod dużym powiększeniem nie jest w stanie przeoczyć dodatkowego kanału, perforacji korzeniowej albo złamania. Dysponując tak precyzyjnym narzędziem jesteśmy w stanie bardzo dokładnie za pomocą narzędzi rotacyjnych opracować i wypełnić kanały korzeniowe.